安徽中医药大学医药信息工程学院成立于2002年。2012年3月安徽省中医药科学院成立后，其中安徽省计算机中医应用研究所划归学院。2017年5月，学校网络信息中心整建制并入学院，合署办公。2022年5月19日，与科大讯飞共建现代产业学院。2024年3月21日，学校网络信息中心从学院划出。

学院现有职工76人，全日制在校生2320人，硕士研究生25人；党员221人，其中教职工党员52人。学院党委是学校首批标准化建设党组织，下设4个教工党支部（其中教工第一党支部为安徽省样板党支部培育单位）、6个学生党支部。学院专兼职教师70余人，其中教授4人，副教授（含高级实验师）22人，博士17人（其中在读5人），硕士学历人数达100%。现设有党政办、教学办公室、科研与学科办、学生工作与就业办等科室，分工会、分团委组织健全。设有医学技术系、智能医学系、医学工程系，下设信息管理与信息系统、医学影像技术、计算机基础、医学影像（一附院）、计算机科学与技术、数据科学与大数据技术、人工智能、生物医学工程、医学信息工程、数学等10个教研室，1个实验（实训）教学中心，1个创新创业实训中心。

学院是在全国中医药院校中较早开办中医药与现代信息技术相结合的、富有特色的本科专业的院系。现有信息管理与信息系统（安徽省一流专业培育单位，安徽省特色专业，2019年安徽省专业综合评估A-、全省第一方阵）、计算机科学与技术（安徽省一流专业培育单位）、生物医学工程（安徽省一流专业培育单位，安徽省专业结构化调整与专业改造专业）、医学信息工程、数据科学与大数据技术、人工智能、医学影像技术等7个全日制本科专业。现有中医药信息学（国家中医药管理局重点学科）、智能中医药工程（安徽省高峰培育学科），以及“中医药信息学”二级学科硕士点。学院“3+1”校企合作办学模式为增强了学生实践动手能力的培养做出了成功的探索。

学院着力培养具有强烈社会责任感，具备较好中医药背景知识的医药信息技术、医药信息管理和医药软件开发等能力，富有较强创新精神的跨学科高级复合型应用人才，创新思路与方法，始终重视和加强学生能力培养，积极开展第二课堂教学实践和丰富多彩的学生活动，培养了3500名品学兼优、实践能力过硬的优秀毕业生，毕业生就业率持续保持在95%以上。

面向蓬勃发展的中医药事业及健康产业，面向日新月异的信息技术、人工智能技术，面向经济社会对高素质人才的需求，学院将在学校党政统一领导下，走“医工互融、理实俱进、协同创新、特色发展”之路，精力打造优质师资队伍，着力培养大学生创新思维、实践能力，在实现中华民族伟大复兴“中国梦”中谱写出“深度结合、科学发展”的新篇章。（2024年4月24日修订）